Baş tanrı Zeus’la, Leto’nun oğlu, tanrıça Artemis’in ikiz kardeşi olan Apollon, 12 Olympos tanrısından biri olmasına karşın kökeni oldukça tartışmalıdır. Apollon’un kökeninin Anadolu olduğu tezi, yirminci yüzyılın başlarından itibaren ortaya atılmıştır. 1903 yılında araştırmacı Wilamowitz-Moellendorff, Apollon’un, Lykialı olduğunu öne sürmüştür. Apollon’un annesi Leto’nun adının Lykce “Lada” dan geldiğini ve anlamının kadın olduğunu belirtir. Ayrıca Apollon ve Artemis’in silah olarak ok ve yay kullanmaları barbar kökenlerini gösterdiğini ve diğer Olympos tanrıları gibi ayağında sandalet yerine, Artemis’le beraber Batı Anadolu kökenli bot giydiği vurgular. İleri sürdüğü tezin son savunması olarak da Apollon’un İlyada’da Troialıların yanında yer alışını ve Achilleus’a karşı düşmanlığını kanıt olarak gösterir. 1911 yılında M.P. Nilsson da bu görüşü   savunur. Köken tartışmasında Hitit kaynaklarında geçen Apulunas adlı tanrının Apollon    olabileceği ileri sürülmüştür. Antik yazarlardan Pausanias ve Strabon’a göre ise               Apollon Girit (Minos) kökenlidir.

      Kökeni tartışmalı da olsa Apollon’un müzik tanrısı kimliği tartışmasızdır. Ancak bu            kimliği kazanması Çoban Apollon ve Bebek Hermes mythoslarıyla ilişkilidir. Çoban            Apollon mythosuna göre Zeus, Apollon’un oğlu, sağlık tanrısı Asklepios’u, ölüleri            dirilttiği için öldürür. Buna çok üzülen Apollon da öç almak için Kyklopları                      (alınlarının ortasında tek gözleri bulunan devleri) öldürür. Zeus, bu olay üzerine              Apollon’u bir yıl süre ile kral Admettos’un yanında sığır çobanı olarak çalışmak              üzere cezalandırır. Bu sürülerin çalınış öyküsü de Bebek Hermes mythosu ile                  ilişkilidir. Mythosa göre yeni doğan Hermes kundağından çıkıp Apollon’un                      sürülerini çalar. Apollon sürülerini Hermes’in çaldığını öğrenir ve Zeus’a şikâyet           eder. Ancak Zeus henüz yeni doğmuş bir bebeğin bunu yapamayacağını ileri sürse           de, Apollon’un ısrarı üzerine, Hermes gerçeği anlatır ve sürüden sadece iki ineği             öldürüp, 12 Olympos tanrısına sunmak üzere on iki parçaya ayırdığını söyler.                     Apollon’un on ikinci tanrı kim sorusuna da Hermes’in yanıtı “ben,                                     hizmetkarınız.”  olur. Bu yanıtın ardından ortamı yumuşatmak amacıyla,                         kaplumbağa kabuğu, öldürdüğü hayvanların boynuzları ve bağırsaklarından                  yaptığı lyrayı çalmaya başlar. Bu telli saza hayran kalan Apollon lyrayı kendisine          vermesi ve çalmayı öğretmesi koşuluyla Hermes’i affeder. Sürüleri de Hermes’e             verir. Bu mythosla beraber Apollon, Çoban Apollon kimliğinden müzik tanrısı                  Apollon kimliğine geçer ve müziğin, dansın, şiirin tanrısı, tüm güzel sanatların ve         bunlarla ilişkili ilham tanrıçaları dokuz Mousa’nın da tanrısı olur. Bugün Maestro          olarak bildiğimiz kelimenin kökeni ise Apollon Pythia Bayramları’nda Mousaların           konserlerini yönetiyor olmasındandır. Müzik tanrısı kimliğindeki Apollon, tüm                 müzisyenlerin koruyucusu, ritim ve tüm kâinat harmonisinin tanrısı ve efendisidir.         Apollon’un tüm hayvanları lyra çalarak sakinleştirdiği ve hayvanların müziğin ritmine       uyarak dans ettiğine inanılır.

    Apollon’un kâhin tanrı kimliği en önemli ve baskın ikinci kimliğidir. Tanrı bu kimliği       Python yılanını öldürme mythosuyla kazanır. Themis Tapınağı’nın koruyucusu olan       Python yöredeki tüm canlılara zarar verir. Ayrıca Leto hamileyken kıskanç Hera Leto’yu     izleme görevini Python’a vermiştir. Python’u öldüren Apollon, Yunanistan'ın kuzeyinde    2 bin 450 metre yüksekliğindeki Parnasos Dağı'nın yamacında Delphoi kehanet                 merkezini kurar. Kâhin tanrı kimliğinde Apollon kehanetlerini vahiy yoluyla ya da           kahin ve kahineleri aracılığıyla gönderir. Antik dünyanın üç büyük kehanet merkezi,        Delphoi, Aydın Didim’de bulunan Didyma ve İzmir Menderes’te yer alan Klaros olarak      kabul edilir. Tanrının kehanet elemanları olarak gazlar, defne, üçayak, omphalos taşı,          aşık kemiği gibi farklı objeler kullanılır. Delphoi’daki Apollon Tapınağı’ndaki kutsal           omphalos taşı dünyanın merkezi olarak kabul edilir.

        Apollon antik dönemde kentlerin kurucusu ve yasaların koruyucudur. Hellen                     polisleri yasalarını Apollon’dan alır. Kent ve koloni kuruluşlarında tanrıya                    kehanet başvurusunda bulunmak dinsel bir yaptırımdır. Bu görevi yerine                        getirmeyen kentlerin Apollon tarafından cezalandırılacağına inanılır.

Apollon aynı zamanda ölümsüz gençliği ve erkek güzelliğinin tanrısıdır. Tanrıların en güzelidir. Daima genç, dinç ve kuvvetlidir. Antik dönemde ergenliğe eren her erkek, saçından bir bukle kesip tanrıya sunar.